เบ็ปปุเป็นเมืองออนเซ็นที่มีชื่อเสียงของญี่ปุ่น เป็นจุดหมายปลายทางยอดนิยมสำหรับนักท่องเที่ยวที่ต้องการพักผ่อนกับน้ำพุร้อนธรรมชาติ โรงแรมสปาในเบ็ปปุมีหลากหลายตั้งแต่รีสอร์ทหรูอย่าง ANA InterContinental Beppu Resort & Spa ที่มีสระว่ายน้ำ infinity และออนเซ็นกลางแจ้ง ไปจนถึงเรียวกังดั้งเดิมอย่าง Kannawaen ที่ตั้งอยู่ใกล้กับพื้นที่ Hells of Beppu (Jigoku) นักท่องเที่ยวสามารถเลือกที่พักตามงบประมาณ ตั้งแต่ราคาประหยัดไปจนถึงระดับไฮเอนด์ ย่านที่แนะนำคือ Kannawa และพื้นที่ริมชายฝั่งซึ่งมีวิวทะเลสวยงาม
โรงแรมสปาส่วนใหญ่มีสิ่งอำนวยความสะดวกครบครัน เช่น อ่างอาบน้ำแร่ร้อนกลางแจ้ง (open-air bath) สปา ฟิตเนส ห้องอาหารที่บริการอาหารเช้าบุฟเฟต์คุณภาพสูง ตัวอย่างเช่น Suginoi Hotel มีสระว่ายน้ำน้ำพุร้อน 2 สระและกิจกรรมมากมาย ขณะที่ REX Hotel Beppu ตั้งอยู่ติดชายหาดและมีวิวทะเล ส่วน Amane Resort Seikai ให้ประสบการณ์เรียวกังหรูพร้อมออนเซ็นส่วนตัว ผู้เข้าพักควรพิจารณาเลือกโรงแรมที่มีออนเซ็นกลางแจ้งและวิวทะเลเพื่อประสบการณ์ที่ดีที่สุด
