สำหรับนักท่องเที่ยวที่ต้องการสัมผัสประสบการณ์การแช่ออนเซ็นแบบญี่ปุ่นแท้ๆ โดยไม่ต้องเดินทางไกลออกไปนอกเมือง การเลือกพักในโรงแรมที่มีออนเซ็นในโตเกียวถือเป็นทางเลือกที่คุ้มค่าและสะดวกสบาย โรงแรมเหล่านี้ส่วนใหญ่มีสิ่งอำนวยความสะดวกครบครัน เช่น บ่อน้ำพุร้อนในร่มและกลางแจ้ง ห้องอบซาวน่า และสปา โดยเฉพาะโรงแรม Centurion Hotel & Spa Ueno Station ที่มีชื่อเสียงเรื่องบ่อออนเซ็นและสปา ตั้งอยู่ในย่านอุโนะ อีกหนึ่งตัวเลือกคือ Villa Fontaine Grand Haneda Airport ที่เชื่อมตรงกับสนามบินฮาเนดะ เหมาะสำหรับผู้ที่ต้องการพักผ่อนก่อนเดินทาง
สำหรับงบประมาณในการพักโรงแรมออนเซ็นในโตเกียว เริ่มต้นที่ประมาณ 3,000-5,000 เยนต่อคืนสำหรับโรงแรมระดับ 3 ดาว ไปจนถึง 30,000 เยนขึ้นไปสำหรับโรงแรมหรู เช่น Hotel Chinzanso Tokyo ที่ตั้งอยู่ในสวนญี่ปุ่นแบบดั้งเดิม มีสปา YU The Spa และอ่างน้ำพุร้อนกลางแจ้ง บริการห้องพักระดับพรีเมียมพร้อมวิวสวน เหมาะสำหรับนักท่องเที่ยวที่ต้องการความหรูหราและความเป็นส่วนตัว ควรจองล่วงหน้าอย่างน้อย 2-3 สัปดาห์ โดยเฉพาะช่วงฤดูใบไม้ผลิและฤดูใบไม้ร่วงซึ่งเป็นฤดูกาลท่องเที่ยว