โรงแรมในเมืองกาญจนบุรีส่วนใหญ่อยู่ในย่านใกล้สถานีรถไฟและสะพานข้ามแม่น้ำแคว ซึ่งสะดวกต่อการเดินทางไปแหล่งท่องเที่ยวสำคัญอย่างสุสานทหารสัมพันธมิตรและพิพิธภัณฑ์สงคราม ราคาห้องพักเริ่มต้นประมาณ 500-1,500 บาทต่อคืน ขึ้นอยู่กับประเภทที่พักตั้งแต่โฮสเทลราคาประหยัดไปจนถึงรีสอร์ทริมน้ำ หลายแห่งมีสิ่งอำนวยความสะดวกพื้นฐาน เช่น WiFi ฟรี ที่จอดรถ และห้องปรับอากาศ ควรเลือกที่พักที่อยู่ในรัศมีไม่เกิน 2 กม. จากตัวเมืองเพื่อความสะดวกในการหาอาหารและบริการ
ตัวอย่างโรงแรมยอดนิยมในเมืองกาญจนบุรี ได้แก่ Hop Inn Kanchanaburi (คะแนน 8.6) ห้องพักเรียบง่าย มีระเบียงและ WiFi ฟรี ราคาจับต้องได้ เหมาะกับนักเดินทางประหยัด ส่วน Por Poshtel Kanchanaburi (คะแนน 9.0) เป็นโฮสเทลสไตล์โมเดิร์น ใกล้พิพิธภัณฑ์สงครามและสถานีรถไฟ มีบาร์ของว่าง สำหรับครอบครัวหรือผู้ต้องการรีสอร์ทริมน้ำ Comsaed River Kwai Resort (คะแนน 8.5) มีสระว่ายน้ำ 2 สระ สปา และวิวภูเขา เหมาะสำหรับพักผ่อน ส่วน Pechpailin Resort (คะแนน 6.6) มีสระว่ายน้ำและสวน ราคาประหยัด ขณะที่ Sky Resort Kanchanaburi (คะแนน 7.1) ใกล้สถานีรถไฟมีร้านอาหารและบริการรถเช่า